He descubierto que puedo aislar fácilmente el ADN de 200 kbp o más usando una mezcla cuidadosa. Estoy seguro de que las megabases también son factibles. La clave no es agitar la muestra vigorosamente, sino mezclar lentamente de extremo a extremo durante 20 minutos más o menos. Se pueden ajustar muchos parámetros para aumentar la longitud de sus fragmentos. La temperatura, el tiempo del procedimiento, la iluminación ambiental, la concentración de cationes divalentes, los quelantes metálicos, el pH y la edad de sus reactivos pueden desempeñar un papel importante. Además, después de extraer la muestra, debe tener cuidado de no usar una punta de pipeta de diámetro estrecho para moverla. Las fuerzas de corte pueden ser perjudiciales. He usado una pipeta pasteur de vidrio para mover el ADN “gloopy” a otro recipiente. También es fundamental mantener el ADN bicatenario evitando sales caotrópicas o pH muy altos, ya que incluso el dsDNA dañado puede permanecer intacto en general y ser útil, por ejemplo, como sonda o plantilla. Otra cosa a tener en cuenta es que cada manipulación aumenta la degradación. Para mantenerlo al mínimo, uso el gel phaselock en mis extracciones. Esto me permite extraer varias veces en el mismo tubo para obtener la máxima pureza sin pipetear mi muestra.
Finalmente, para responder realmente a su pregunta, el promedio depende en gran medida de las condiciones, pero imagino que hay un límite superior. Sin embargo, cuantificar la longitud de los fragmentos por encima de cientos de kbp es bastante difícil. Una opción es incrustar la muestra en un tapón de agarosa y ejecutar un gel de campo pulsado, pero se necesita algo de práctica para hacerlo bien.
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