Los protones y los electrones no se aniquilan entre sí porque no son partículas opuestas. Son completamente diferentes entre sí, y simplemente tienen cargas eléctricas opuestas. Un electrón es una partícula única que lleva una carga eléctrica de -1, mientras que un protón es un paquete de tres quarks, dos de los cuales tienen una carga de +2/3 y uno de los cuales tiene una carga de -1/3. Cuando un electrón y un protón se encuentran, no pasa mucho. Dentro de un átomo, los electrones internos pasan parte de su tiempo dentro del núcleo, por lo que se cruzan con protones todo el tiempo sin ninguna consecuencia.
Los protones y los electrones tienen antipartículas, llamados antiprotones y positrones, respectivamente.
Un positrón, por ejemplo, es esencialmente lo que obtienes cuando comienzas con un espacio vacío y restas la función de onda que correspondería a un electrón. Cuando un electrón y un positrón se cruzan, literalmente se cancelan entre sí y no dejan nada atrás; pero la repentina desaparición de las dos cargas envía una poderosa onda electromagnética a través del espacio, que transporta tanta energía como las dos partículas. Llamamos a esta onda un fotón de rayos gamma .
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Un antiprotón es más complicado, ya que está compuesto por tres antiquarks, dos de los cuales tienen una carga de -2/3 y uno de los cuales tiene una carga de +1/3. Al igual que con el positrón, cada antiquark es básicamente lo que obtienes cuando comienzas con un espacio vacío y restas la función de onda que correspondería a un quark. Cuando un antiprotón y un protón se cruzan, los antiquarks cancelan los quarks y no dejan nada atrás, al igual que con el electrón y el positrón. Y nuevamente, la desaparición de las cargas eléctricas envía una onda electromagnética de alta energía a través del espacio.
