A veces y tal vez.
La mayoría de las modificaciones genéticas que las personas hacen a los organismos son pequeños cambios que podrían ocurrir naturalmente. Algunas eliminaciones serían naturales, al igual que varios reordenamientos. Todo eso sería imposible de saber si fueron el resultado de una modificación genética o no.
Si se tomó un gen de una especie estrechamente relacionada, podría ser bastante difícil diferenciarlo del receptor.
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Los casos en los que sería fácil sería si hay una modificación importante que no tiene un homólogo en el genoma del huésped pero tiene un homólogo en otro genoma. Es posible que tal cosa suceda por transferencia horizontal de genes de forma natural (por ejemplo, de bacterias a células vegetales), pero si iba acompañado de secuencias flanqueantes que parecían pedazos de un vector de clonación comercial, puede sentirse bastante seguro de que fue genéticamente modificado.
Si alguien quisiera, podría modificar una modificación genética para parecerse más a un gen que se produciría en el organismo objetivo. Por ejemplo, es una práctica muy común “humanizar” construcciones de genes para proteínas y anticuerpos que se expresan en células de otras especies para aplicaciones humanas (es común usar células de ovario de hámster chino para producir proteínas utilizadas farmacéuticamente, y modificamos la construcción genética para humanizar el producto). Particularmente en las células CHO, que han sufrido una mutación considerable después de miles de generaciones de cultivos celulares de laboratorio, los genes de proteínas humanizadas serían muy difíciles de diferenciar del ADN del hámster a menos que ya supieras que estaba allí.
Dicho esto, realmente no hay “ADN humano” versus “ADN de kumquat”, todo es solo ADN. Básicamente es el mismo material y funciona prácticamente igual donde sea que esté.