¿Por qué es tan largo el ADN del pez pulmonado?

Probablemente debido a la expansión de elementos transponibles.

… los resultados convergieron en una estimación del 40% del genoma compuesto por elementos reconocibles transponibles (TE) … sugerimos que este genoma muy grande no está compuesto en gran parte de TE no amplificados recientemente, sino que puede incluir un gran componente de degeneración más antigua TEs. Con base en estas estimaciones, y en la inferencia de Thomson (Thomson K. 1972. Un intento de reconstruir los cambios evolutivos en el contenido de ADN celular del pez pulmonado. J Exp Zool. 180: 363-372) que en el linaje que conduce al pez pulmonado australiano existente, hubo un aumento masivo en el tamaño del genoma entre 350 y 200 millones de años, después de lo cual el tamaño del genoma cambió poco, especulamos que el genoma del pez pulmonado australiano muy grande puede ser el resultado de una amplificación masiva de TE seguida de un largo período con baja tasa de eliminación de secuencia y alguna actividad de TE en curso.

Evolución del genoma del pez pulmonado australiano (Neoceratodus forsteri): un papel importante para los elementos LINE CR1 y L2. Mol Biol Evol. 2012 noviembre; 29 (11): 3529-39. Metcalfe CJ, Filée J, Germon I, Joss J, Casane D.
(Evolución del pez pulmonado australiano (Neocerat… [Mol Biol Evol. 2012])

Actualización para agregar: Adam Block pregunta en los comentarios, “¿qué causó esta expansión masiva? ¿Y qué pasó con todos esos TEs en otras especies modernas?”

No lo sé, y no creo que nadie lo sepa. La respuesta más probable es que es solo una de esas cosas, lo cual reconozco que es frustrante, pero, ya sabes, bienvenido a la biología. (Si lo desea, puede llamarlo “la hipótesis nula” en lugar de “una de esas cosas”).

Los elementos transponibles se expanden en prácticamente todas las especies de vertebrados (tal vez todas las especies eucariotas), aunque dado que así es como se definen, es un poco circular. Básicamente es su naturaleza expandirse. Cuando se reducen, la suposición es generalmente que existe una presión selectiva contra su expansión más la deriva que elimina gradualmente los más fosilizados. Aparentemente, el pez pulmonado puede tolerar tener una gran cantidad de TE, pero por qué … solo una de esas cosas.