El principal problema ético asociado con ese tipo de ingeniería genética es el consentimiento; un embrión carece de la capacidad de consentir a tales alteraciones. En general, no existe una gran preocupación ética sobre los casos de necesidad médica, ya que la ética médica permite, si no requiere, la intervención para salvar una vida. Por lo tanto, si un embrión tuviera la enfermedad de Tay-Sachs, la reparación del gen HEXA probablemente se vería de manera similar a la cirugía fetal. Las principales preocupaciones tienden a ocurrir cuando se consideran alteraciones genéticas que no son para afecciones potencialmente mortales. Luego, la ética del consentimiento informado se vuelve más pronunciada y los posibles efectos secundarios deben considerarse cuidadosamente.
Hay otras preocupaciones asociadas, como “jugar a ser dios” o los ricos que compran genes superiores si la ética religiosa o social es parte de la cuestión. En esos casos, existen problemas de exceder las limitaciones humanas apropiadas y el posible efecto negativo para la sociedad en su conjunto a pesar de los posibles beneficios para un individuo.
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