Todas estas técnicas se utilizan para estudiar las diferencias en la secuencia de ADN de una población (variación genética). Las aplicaciones incluyen análisis forenses, pruebas de paternidad, marcadores genéticos de enfermedades, mapeo genético, selección de rasgos en la reproducción, etc.
RFLP significa “polimorfismo de longitud de fragmento de restricción” y utiliza enzimas de restricción para cortar el ADN en secuencias específicas que son reconocidas por la enzima. Esto da como resultado fragmentos de ADN de diferente longitud que se ven en el gel como un patrón de bandas, correspondiente al tamaño de los fragmentos. Las muestras de ADN que tienen diferencias en su secuencia se cortarán en diferentes lugares, lo que dará como resultado diferentes patrones de bandas. Esta fue la primera forma de huella genética.
STR significa “repetición en tándem corta”. Estos STR son repeticiones de 2 o más nucleótidos que se producen principalmente en las partes no codificantes del ADN. Los STR son altamente polimórficos, lo que significa que la cantidad de repeticiones en un STR específico puede ser diferente de persona a persona. Las muestras de ADN se analizan amplificando una o varias de estas regiones STR. Si hubo diferencias en el tamaño de los STR entre las muestras, se puede ver por separación de tamaño en gel. Debido a que la PCR está involucrada en este método, se necesita una cantidad mucho menor de muestra de ADN que para RFLP, por lo que es ideal para el análisis forense.
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SNP significa “polimorfismo de un solo nucleótido”. Esto significa que hay una variación en un solo nucleótido en una ubicación específica en el genoma (ya sea en un gen o en una región no codificante). Por ejemplo, la anemia falciforme es una enfermedad presente en personas que tienen dos copias del gen de la beta-globina mutada con una sola mutación A a T. La ventaja de los SNP sobre los STR es que los fragmentos de PCR para los SNP son mucho más cortos que para los STR, por lo que también se puede usar ADN degradado. Los SNP también son más abundantes en el genoma que los STR y tienen una tasa de mutación más baja. Debido a la variación de un solo nucleótido, la mayoría de los SNP tienen dos formas diferentes (alelos) en una población. Esto hace que un SNP sea menos discriminatorio que un STR y se necesitan múltiples SNP para estudiar la variación genética. Por el contrario, los microarrays pueden usarse para analizar millones de SNP en paralelo, por lo que la tipificación de SNP puede ser extremadamente económica.
