Esta no es una pregunta muy fácil de responder porque es difícil saber qué podría haber sido beneficioso para nuestros antepasados, y cuanto más retrocedas en el tiempo, más difícil será saberlo. Los humanos no han perdido muchos genes que, digamos, los reptiles sí, pero nosotros no. Somos mamíferos omnívoros, por lo que no hemos perdido muchos genes del citocromo P450 como lo hicieron los gatos, porque necesitamos desintoxicar algunos compuestos de plantas que un carnívoro obligado ya no necesita.
Además de las otras muy buenas respuestas aquí, creo que la familia de genes del receptor olfativo es un buen ejemplo de genes que probablemente fueron útiles para nuestros antepasados, pero que ya no son tan útiles para nosotros. Hay alrededor de 3000 genes para receptores olfativos en mamíferos (sí, el sentido del olfato es muy, muy importante para los mamíferos), y el número de genes receptores olfativos activos varía de mamífero a mamífero. En los humanos, hay alrededor de 400 receptores olfativos funcionales, y alrededor de 600 pseudogenes , que ya no son funcionales.
http://en.m.wikipedia.org/wiki/O…
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No creo que los genes OR que se volvieron no funcionales serían perjudiciales para nosotros si fueran funcionales (a menos que viaje en los subterráneos llenos de gente en el verano de Nueva York cuando la gente viaja a casa por la noche, cansada y ya no huele a rosas después de un día largo y sudoroso en el trabajo). Pero no eran necesarios, por lo que las mutaciones se acumularon hasta que se convirtieron en “muertos”.