El proyecto público utilizó una combinación de cinco o seis donantes anónimos para la mayor parte del trabajo de secuenciación del genoma. La generación de los mapas físicos probablemente usó muchos más (hay una distinción entre mapeo y secuenciación). Y, por supuesto, los mapas genéticos recombinacionales requerían muchas, muchas muestras porque esa es la forma en que generalmente se construyen dichos mapas (aunque también se pueden construir a partir de una sola muestra de semen, pero eso requiere métodos que no estaban bien desarrollados en ese momento) .
La compañía privada Celera usó una sola fuente, no identificada en ese momento, pero se asumió ampliamente que era el fundador de la compañía, J. Craig Venter. Venter luego confirmó esto. Por supuesto, sin los recursos de mapeo del proyecto público, esto hubiera sido mucho menos útil, por lo que, en cierto sentido, su secuencia del genoma se construyó con información de múltiples individuos también.
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