Microinyección de ADN en el pronúcleo paterno justo después de la fertilización de un ovocito. La tasa de éxito es menor. Siempre existe el riesgo de mutagénesis por inserción. Esto significa que el gen introducido se inserta en una parte funcional de otro gen y, por lo tanto, arruina sus funciones. Después de la selección de las células transgénicas, que son posibles en un cultivo celular, la selección de las células recombinadas se puede hacer por medio de una enzima unida como parte de la construcción. Los métodos de cultivo para células madre fetales solo se desarrollan completamente en ratones. Este método todavía está en pañales en todas nuestras especies de animales domésticos. La cigomicota (mohos del pan), la ascomicota (levaduras y hongos del saco) y la basidiomicota (hongos del club). Después de la transgénesis en ES u otras células fetales, las células transgénicas se inyectan en un blastocisto. Por lo tanto, se forman animales quiméricos de los cuales algunos formarían gametos que contienen la construcción del gen insertado. Los ovocitos desnucleados también se usan en combinación con células fetales.
La transferencia de genes también juega un papel en la propagación de factores de virulencia, como las exotoxinas y exoenzimas, entre las bacterias.
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