Esa es una muy buena pregunta.
El ADN se obtiene en condiciones extremadamente meticulosas de fósiles diagnosticados como neandertales. Como fósiles, no hay mucho ADN y se debe tener mucho cuidado para garantizar que las muestras no estén contaminadas.
Bajo condiciones extremadamente controladas, el material genético se toma del interior de los huesos, donde puede haber sobrevivido algo de materia genética.
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Luego, las muestras se aceleran para crear muestras más grandes y luego se pueden comparar con el ADN de Homo sapien.
La mayor parte del ADN de Neandertha se ha cosechado del sitio de la cueva española de El Sidron, donde una población de Neanderthal del tamaño de la muestra (posiblemente un grupo familiar) se encuentra preservada y no contaminada debajo de las capas de roca. Tienen una historia triste, posiblemente canibalizada por grupos desconocidos, abandonada en un refugio rocoso y luego arrastrada por las aguas de la inundación al sistema de cuevas.
Mucho trabajo en el ADN de Neanderthal se ha realizado en el instituto Max Planck, donde gran parte del ADN cosechado se acelera e investiga.
Es un trabajo difícil, las posibilidades de errores y contaminación son altas, por lo que se requiere una gran profesionalidad y los trabajos se publican con total transparencia en técnicas y materiales.
El ADN también proviene de Vindija, creo.