La distancia física entre dos marcadores se mide con el número de nucleótidos entre ellos. Si estos marcadores están separados por 1000 bases, la distancia física será de 1000 nt. La distancia física se puede medir secuenciando y contando los nucleótidos.
La distancia genética se calcula de acuerdo con la tendencia de los marcadores que están juntos en un cromosoma a heredarse juntos durante la fase de meiosis de la reproducción sexual. Si los marcadores están muy juntos (pequeña distancia física), tienden a heredarse juntos. Si los marcadores se heredan sustancialmente juntos, entonces la distancia genética será menor.
La unidad típica de distancia genética (enlace) es el centimorgan (cM). Si hay 1 cM entre dos marcadores, significa que los marcadores se separan en diferentes cromosomas en promedio una vez por cada 100 meiosis.
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Por ejemplo:
Supongamos que tenemos tres marcadores con distancias físicas iguales (1000 nt). Si los marcadores B y C se heredan juntos, su distancia genética (1 cM) será menor que el par AB (10 cM).
En realidad, la distancia genética está altamente correlacionada con la distancia física. A medida que aumenta la distancia física, la distancia genética también aumenta.
