No hay un mejor método. Depende de si está buscando factores de transcripción (que generalmente tienen una señal de unión más nítida) o algo así como histonas modificadas, que tienden a tener un enriquecimiento más difuso que puede abarcar una región más grande que une varios nucleosomas. También depende de si tiene réplicas biológicas, si tiene una muestra de control (por ejemplo, ADN de entrada o anticuerpo no específico) y si desea buscar enriquecimiento diferencial o no. MACS se usa mucho, pero funciona mejor con una muestra de control y, a veces, no es ideal para picos difusos. Software como CHANCE y MANorm pueden permitirle comprender las propiedades de señal a ruido de su conjunto de datos y (con suerte) ayudarlo a normalizar. DiffBind (quizás combinado con MACS) y DiffReps (por sí mismo) pueden permitirle hacer un análisis de enriquecimiento diferencial de ChIP con repeticiones biológicas.
¿Cuál es el mejor método para analizar datos ChIP-seq?
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ChIP se usa comúnmente en el estudio del sitio de unión del factor transcripcional o el sitio de modificación de proteínas. Con el desarrollo de NGS, la combinación de CHIP y NGS, la secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-Seq) , ahora puede detectar e identificar los sitios de unión a proteínas en toda la escala cromosómica con alta eficiencia y precisión. Brevemente, el complejo de interacción proteína-ADN in vivo se fija y se digiere en pequeños fragmentos y luego se inmunoprecipita mediante un anticuerpo contra la proteína de unión al ADN. De esta forma, los fragmentos de ADN de unión a proteínas se enriquecen y pueden analizarse mediante NGS, de modo que los sitios de unión a proteínas en todo el genoma pueden mapearse y caracterizarse. ChIP-Seq es una herramienta valiosa para discernir y cuantificar las secuencias de ADN específicas donde las proteínas se unen o existen modificaciones epigenéticas.
La aplicación de escritorio, Avadis NGS, tiene un conjunto de opciones de análisis y visualización específicamente para datos ChIP-seq, es decir, identificación de sitios de unión a proteínas y genes en la vecindad de estos sitios, detección de motivos y una variedad de características de contextualización biológica aguas abajo.
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