Al hacer una PCR, esperaba un producto de 612 pb. Sin embargo, me está mostrando de alguna manera un producto de 200 pb. Los cebadores funcionan y la muestra ya se conoce como positiva. ¿Cuál podría ser una explicación plausible para este extraño tamaño diferente (virus ARN)?

No dice lo que está usando como plantilla, pero si deduzco de su sugerencia de virus ARN al final que es ADNc y está haciendo RT-PCR, ¿ha considerado un ARNm más corto empalmado alternativamente en esta muestra? Lo interesante de los productos de PCR significativamente más cortos es que se amplifican de manera más eficiente, por lo que si hubiera una isoforma más corta del ARNm, podría amplificarse el más largo.

¿Ves alguna evidencia del tamaño esperado del producto? Dices que imprimaron los resultados esperados previamente. ¿Todavía produce el producto esperado con la muestra / plantilla anterior?

La razón más probable para un producto de 200 pb cuando diseñó un producto de 612 pb es el mal ajuste en los primeros ciclos. Este producto más corto desarrolla una ventaja en la amplificación, por lo que inunda el producto del tamaño correcto.

Intenta aumentar la temperatura de recocido unos pocos grados o ejecuta un ciclo de toma de contacto.

En primer lugar, ¿por qué sabes que es positivo y que la cartilla funciona? No puede decir que es positivo porque ve una banda de ADN, pero el tamaño era muy diferente al real o al preferido (en su caso era de 612 pb).

Quizás sus resultados fueron solo un dímero de cebador (el cebador unido con otro cebador) si los resultados estaban demasiado por debajo de su líder de ADN. Intente usar control positivo si está disponible para ver sus resultados

Sanger secuencia el producto inesperado !!! Por unos pocos dólares puede obtener información invaluable sobre lo que va mal y dónde.

Tal vez, tienes que revisar los reactivos de tus cebadores. ¿Es extremadamente sensible y específico?

Dependiendo del concentrado de gel, los voltajes y el tiempo de ejecución, sus resultados también se pueden cambiar.