Los materiales no están compuestos de partículas con enormes espacios vacíos en el medio, es decir, no son en su mayoría espacios vacíos. La gente dice esto porque creen que las partículas son en realidad partículas.
Las partículas son de hecho cuantizaciones de campos. Esos campos se extienden por todo el espacio (tanto en la escala cosmológica como en la escala atómica). Los campos electromagnéticos y gravitacionales impregnan todo.
El electrón no orbita el núcleo. En cambio, una onda de electrones en el campo de electrones rodea el núcleo atómico. Del mismo modo, los electrones y protones excitan los campos electromagnéticos que penetran y rodean el átomo. Los fotones, que son excitaciones cuantificadas del campo electromagnético (ondas electromagnéticas) interactúan con el campo EM.
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En tu mente, ves pequeñas partículas diminutas que se cruzan entre sí a grandes distancias. En cambio, imagine grandes ondas energéticas que se ondulan entre sí.
En ese último escenario, no es sorprendente que la luz pueda moverse más lentamente en presencia de materia en comparación con su velocidad en el vacío.