Los virus no son una sola cosa. Las diferentes clases de virus son mucho más diferentes entre sí, que los humanos de las bacterias reductoras de azufre que viven en agua sobrecalentada. Específicamente, es muy poco probable que los virus sean monofiléticos, es decir, probablemente no todos surgieron de un solo antepasado común.
Las dos vías presuntas a partir de las cuales se originaron los virus son la eliminación de organismos de vida libre y la construcción de fragmentos de ADN o ARN móviles. Si uno tuviera que adivinar, y en su mayoría es una conjetura en este punto, porque rastrear fósiles de virus es un trabajo bastante complicado: los poxvirus y muchos otros virus grandes de ADN de doble cadena son más propensos a ser eliminados antes de los agentes de vida libre, los retrovirus es probable que sean antiguas piezas de genomas que adquirieron un recubrimiento, y hay muchas en el medio para las cuales su conjetura es tan buena como la de cualquiera.
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