Supongo que no quieres que hable mucho sobre lo que cada uno es físicamente y, en cambio, me centre en sus características y usos.
Hoy, los únicos de los que realmente debe preocuparse son los SNP y los SSR. Los SFP son relevantes, pero tenga cuidado al usar el término, ya que puede ser confuso (tuve que buscarlo para recordarme cuáles eran). También debe tener en cuenta algunos otros marcadores, como las variantes de número de copia (CNV). AFLP y RAPD todavía tienen alguna utilidad práctica. Los otros caen dentro de estas clases o son obsoletos. Debe saber que existen, porque verá referencias históricas (o usos heredados), pero si está aprendiendo acerca de los marcadores, lo hará bien sin sus detalles.
Tenga en cuenta que hay redundancia en la terminología. Por ejemplo, algunos investigadores distinguirán los SNP de los SNV (variantes de un solo nucleótido), donde los SNV solo se refieren a variantes raras. (No utilice “SNV”; la biología es lo suficientemente confusa como su pregunta implica. Ya tenemos un término mejor: SNP “raro” o “poco común”).
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Las RFLP son un método de genotipado de ciertos SNP. Son completamente obsoletos (demasiado laboriosos, no basados en PCR, entre otros problemas), aunque algunas técnicas de secuenciación de próxima generación esencialmente generan datos similares a RFLP.
SSLPs, VNTRs, SSRs, STRs todos caen bajo SSRs (creo que son técnicamente diferentes, pero la mayoría de los genetistas se quedan con un término, sí, probablemente molesta a los biólogos moleculares). Barato para desarrollar, barato para producir. Tienen un alto contenido de información, pueden generarse con una sola secuencia genómica (o referencia relacionada) y son reproducibles. Estos fueron el caballo de batalla cuando los marcadores realmente comenzaron a ser útiles.
Los RAPD son geniales porque tienen un costo de desarrollo cero. Son cebadores aleatorios, por lo que puede ejecutarlos en cualquier organismo sin conocimiento previo. Pero no son muy reproducibles y rara vez son codominantes (no se pueden distinguir los heterocigotos).
Las AFLP son en realidad RFLP basadas en PCR. Al igual que los RAPD, son buenos porque básicamente no necesitas ninguna información de secuencia (aunque, estrictamente hablando, los cebadores deben diseñarse en una región altamente conservada o de una especie relacionada). Sin embargo, estos están mal distribuidos.
Los SNP son el estándar moderno. A menudo no son muy polimórficos, pero estos son, con mucho, los polimorfismos más comunes y mejor distribuidos. Son susceptibles de paralelización (DArT, microarrays, métodos de secuenciación de próxima generación, incluido RAD). El mayor problema es que desarrollar una matriz SNP es costoso; requiere secuencias de muchos individuos. Es por eso que no fueron vistos en el pasado cuando el genotipo recién comenzaba.
Las SFP son polimorfismos de matrices SNP con una variación cuantitativa adicional en el ensayo que se tiene en cuenta. La naturaleza exacta no está clara, pero son como polimorfismos de expresión (y en muchos casos, probablemente son lo mismo).
Hay otros polimorfismos que no ha mencionado que se están estudiando. Los más populares son las variantes de número de copia (CNV). Se han vuelto populares para estudiar, ya que muchos sospechan que son causales de enfermedades (muchos no están de acuerdo). Finalmente, esta respuesta sería incompleta si no mencionara los polimorfismos de la vieja escuela a nivel cromosómico. Estas son translocaciones, inversiones, duplicaciones y deleciones de grandes segmentos cromosómicos, aunque en realidad no tenemos “marcadores” en el sentido práctico para estos.
Para obtener más información, aquí hay una buena redacción sobre los marcadores. Ver sección 2:
Marcadores moleculares y mejora genética asistida por marcadores en plantas
