La determinación de los loci de un microsatélite es completamente diferente de la determinación de genes de vecindad.
Si tiene la secuencia del genoma, puede identificar microsatélites mediante varias herramientas disponibles en línea. También puedes descargarlo en tu computadora.
Así que aquí es cómo determinamos los genes vecinos de microsatélites. La técnica se denomina ISSR (repeticiones de secuencia entre simples). La secuencia complementaria a dos microsatélites vecinos se utilizan como cebadores de PCR, y la región variable entre ellos se amplifica. Se recomienda encarecidamente que la duración de los ciclos de PCR se mantenga baja para evitar la amplificación excesiva de secuencias contagiosas. Ahora los amplicones (es decir, los productos de amplificación) diferirán mucho en longitud.
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Estas secuencias se pueden usar para la toma de huellas digitales de ADN. Por lo tanto, se puede identificar el gen en la región flanqueante que se amplifica.
Se pueden obtener datos más específicos y seguros si se secuencian estos amplicones. Entonces, el ensamblaje contig de estos datos secuenciados en el genoma puede dar una mejor imagen del gen vecino microsattelite.
Estos amplicones pueden ser de regiones conservadas o no conservadas, por lo que es más adecuado para la filogeografía.
Para obtener una variedad más diversa de secuencias, se puede implementar SSR-PCR (repetición de secuencia corta). Pero siempre el análisis es tedioso y arbitrario.
Y el diseño del cebador para estos PCR siempre se basa en pruebas y errores.
Un enfoque más profundo que se presenta es SNP-STR, que es una combinación de un polimorfismo de un solo nucleótido y un microsatélite, lo que da lugar a una mejor conclusión, en lugar de los resultados del análisis en base a cualquiera de los dos.
La precisión de la secuencia también es muy importante en todos estos enfoques. Aunque la secuenciación también es altamente propensa a errores, los nuevos métodos emergentes como la secuenciación PROFUNDA y la secuenciación UltraDEEP tienen una mayor cobertura y un mejor análisis.
