Ambos objetos probablemente explotarían.
ETA:
Aunque los átomos son en su mayoría espacio vacío, se derogan debido a la fuerza nuclear débil. Por eso los objetos no pueden pasar entre sí.
La otra fuerza posible es la fuerza nuclear fuerte, que une las partículas a distancias muy pequeñas. Si dos núcleos atómicos se acercan lo suficiente como para estar unidos por la fuerza fuerte, se fusionarán.
Entonces, las dos posibilidades, según lo veo, para cualquiera de los dos átomos inmediatamente después de la materialización es que sus núcleos estarían lo suficientemente separados como para ser derogados por la fuerza nuclear débil, con suficiente fuerza para romper cualquier enlace químico que forme las moléculas de la sustancia. A gran escala, esto se manifestaría como una explosión química.
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La otra posibilidad sería que los dos átomos estén lo suficientemente juntos como para que la fuerza nuclear fuerte supere a la fuerza débil y fusione los núcleos. Esto es básicamente lo que sucede dentro del sol o en un reactor Fusion, y liberaría enormes cantidades de energía. Dado que esta sería una liberación de energía completamente descontrolada, el efecto a gran escala sería básicamente una explosión termo-nuclear.
Con toda probabilidad, ambas sucederían, pero con interacciones débiles que superan con creces las interacciones fuertes. Aunque cualquier interacción fuerte liberaría mucha energía, junto con la radiación de partículas energéticas, lo que probablemente causaría reacciones de fusión secundarias.
En general, esperaría que los dos objetos desaparecieran en una explosión violenta, probablemente del orden de magnitud de una explosión nuclear.
