¿Cómo afecta la expansión del universo al confinamiento del quark?

En resumen, no, al menos no por ese mecanismo. Si bien la expansión del espacio es significativa en una escala cósmica, es mucho más difícil de observar en escalas más pequeñas. Incluso si observa la escala de nuestro sistema solar, la expansión del espacio no ha producido ningún efecto observable en las órbitas de los planetas. Si lo acerca aún más a la escala subatómica, el efecto de la expansión del espacio es, para todos los efectos, cero. Si los quarks se separan en una cantidad extremadamente pequeña, la fuerza nuclear fuerte los volverá a unir. La expansión del espacio por sí sola no tendrá ningún efecto en un núcleo.

Editar: Como mencionaste, la tasa de expansión del universo se está acelerando. Sin embargo, la tasa de expansión de cualquier área local del espacio no lo es. Todavía hay mucho que no sabemos sobre la energía oscura, pero estamos bastante seguros de que su densidad de energía es constante o disminuye lentamente con el tiempo. Por lo tanto, el espacio alrededor de cualquier núcleo dado se expandirá a una velocidad constante o decreciente. La razón por la cual la expansión del universo en su conjunto se está acelerando se debe al hecho de que a medida que se crea un nuevo espacio, ese espacio también se expande, por lo que el tamaño total aumenta más rápidamente.