¿Cuáles son algunas de las teorías relacionadas con la física, la metafísica, la filosofía, la cosmología, etc., que tienen fallas pero tienen una base o base tan sólida que se consideran casi ciertas?

Modelo atómico de Rutherford:
Como ha preguntado, las teorías deberían tener una base sólida, pero debería haberse considerado casi cierto, lo he respondido como el modelo atómico de Rutherford. Cualquier modelo atómico descubierto hasta ahora es solo una suposición, ya que nadie ha visto un átomo. Tampoco es posible (hasta hoy) construir un microscopio de tal aumento.
El modelo atómico de Rutherford realmente no falló, estaba incompleto. Su modelo era más una idea cualitativa, que consistía en electrones que orbitaban el núcleo. Pero su modelo realmente no fue más allá de eso ni hizo predicciones cuantitativas, ni explicó cómo los átomos emiten y absorben la luz.
En cambio, Neil Bohr, dio una imagen clara de ello. Pero aún así, su teoría también es incompleta. Entonces, si considera alguno de estos modelos atómicos en Física, debe apoyarlos ciegamente por suposición. Muchas de las partículas subatómicas se descubren día a día junto al invento de Rutherford. Pero aún así, tienes que creer que su experimento de lámina dorada descifró el secreto del átomo.