Aunque ambos son neutrales netos, la carga neta neutra no es uniforme a través del átomo. Es una carga positiva altamente concentrada en el centro del átomo, con una carga negativa muy difusa sobre el resto del volumen del átomo (la nube de electrones se considera una carga difusa).
Mientras que a distancia los dos átomos no interactúan entre sí, colóquelos juntos y las nubes de electrones comenzarán a alejarse entre sí.
En realidad, esto no es lo único que sucede. Con una energía cinética lo suficientemente alta, el átomo de hidrógeno puede ser empujado más allá de donde domina la repulsión de la nube de electrones y en un régimen donde las nubes de electrones comienzan a ver el protón cargado positivamente en el centro, en cuyo punto el átomo de hidrógeno puede terminar siendo incorporado en el metal.
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Por cierto, esta es una gran parte de cómo la química termina sucediendo.
