Sí, si toma el protón como marco de referencia, entonces solo la masa de electrones es importante. El problema es que cuando intentas medir los niveles de energía del hidrógeno es muy difícil medir esos niveles en el marco de referencia del núcleo. Entonces, lo que generalmente se hace es que uno coloca el origen del marco de referencia en el centro de masa. En lugar de una masa de protones y una masa de electrones, se obtiene la masa de todo el sistema para el centro de masa y la llamada masa reducida para el electrón.
El centro de masa no se mueve en absoluto (ya que sin fuerzas externas, el sistema en su conjunto permanece en reposo), por lo que no tiene que tenerlo en cuenta al buscar niveles de energía y el “electrón” tiene un ligero masa más baja en este sistema, por lo que obtiene valores ligeramente alterados de los niveles de energía. Pero si tuviera que medir los niveles de energía de todo el átomo / sistema, esto es lo que mediría (excepto que no realmente, ya que estamos trabajando con la teoría no relativista)
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