La interacción es la misma, pero la forma de la materia es diferente y la partícula detectada es diferente.
En el efecto fotoeléctrico, las transiciones son en un sólido, un metal. En el efecto fotoeléctrico, estamos observando casi exclusivamente la absorción de fotones y la emisión de electrones. El fotón le da al electrón suficiente energía para superar la función de trabajo del metal. Observamos el efecto fotoeléctrico como una corriente en un circuito de tubo de vacío en función de la iluminación, por lo que estamos suministrando fotones y detectando electrones.
En la espectroscopía atómica óptica , observamos las transiciones de electrones en átomos individuales basadas en la absorción o emisión de fotones. Estamos detectando los fotones (no medimos los electrones en ese caso) a medida que los electrones hacen transiciones ascendentes o descendentes en estados atómicos unidos.
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Estos dos fenómenos tienen esencialmente la misma física pero diferentes materiales y diferentes partículas detectadas.
[La espectrometría de masas (también una subclase de espectroscopía atómica) es diferente. En este caso, estamos detectando la masa del átomo ionizándolo y luego pasándolo a través de un campo magnético y observando la curvatura del camino. La ruta depende de la relación carga / masa. Se conoce la carga, por lo que se está determinando la masa. No hay fotones involucrados en este caso, así que no pensé que esta fuera la intención de la pregunta.]