El mayor cambio es el “Big Tree” de Carl Woese. El árbol anterior (con cinco reinos: animal, planta, hongos, protistas y monera) se centró demasiado en la vida multicelular. El árbol de Woese se centró en los microbios, ya que son el grupo más diverso de la vida en la tierra. Su árbol reemplazó los cinco reinos con tres dominios: bacterias, arqueas y eukarya. Este último contiene los “protistas”, plantas, hongos y animales. También mostró que las arqueas, que se cree que son la forma de vida más primitiva, son en realidad el grupo hermano de Eukarya.
La gran crítica con el árbol, también desarrollado en parte por Woese, es que no tiene en cuenta la transferencia horizontal de genes. Imagina un árbol donde las ramas distantes pueden unirse más tarde, pero solo parcialmente. No puedes hacerlo fácilmente, porque los árboles reales no funcionan de esa manera. Entonces la metáfora de un “árbol” no es perfecta. Sin embargo, es una mejora sobre la visión de “escalera” que hace que la evolución parezca un progreso hacia, digamos, los humanos. El árbol es bonito porque ninguna rama es más importante que las demás.
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