No hay forma de evitar la secuenciación primero de un individuo de la especie (o unas pocas) y luego determinar la variación secuenciando más individuos y luego alineando estas secuencias con el primer genoma secuenciado y determinar qué posiciones de nucleótidos son diferentes. Hemos secuenciado decenas de miles de genomas humanos, pero no hemos terminado de catalogar todas las variantes, y en realidad nunca lo haremos a menos que secuenciamos a todos los humanos del planeta.
Pero esto no es un impedimento para secuenciar cualquier genoma de ninguna especie, porque la variación es muy pequeña, alrededor del 0.1% (en términos generales), y la clave, las regiones codificadoras de proteínas están muy bien conservadas. Por lo tanto, si secuencia un fragmento de ADN a ciegas sin saber de qué especie proviene, puedo alinearlo a las bases de datos públicas y sabré de inmediato a qué especie pertenece, independientemente del organismo individual del que provenga. Si vino de un gato, no importa si vino de tu gato calicó o de un gato persa que vive en Londres, podré saber de inmediato que vino de Felis catus .
Y si es una especie nueva, también lo sabré, y sabré cuán estrechamente relacionada está con una de las especies ya secuenciadas.
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