Hoy en día, la forma más común de hacer esto en una escala de transcriptoma es usando secuenciación, más específicamente RNA-Seq . RNA-Seq es una tecnología basada en hacer un ADN complementario (cDNA) a partir de todo el ARN presente en una población celular dada [1], y luego secuenciarlo utilizando tecnologías de secuenciación profunda como la secuenciación Illumina.
Sin embargo, para saber qué tipos de células están transcribiendo qué genes, primero debe separar todos los diferentes tipos de células en un tejido determinado. El Proyecto ENCODE [2] es un esfuerzo masivo y multicéntrico que tiene como objetivo anotar funcionalmente los genomas completos de ratones y humanos, y RNA-Seq es uno de sus principales tipos de experimentos; Varios centros de todo el mundo han generado toneladas de datos a partir de líneas celulares, y diversos tejidos y tipos de células de diferentes órganos y células en el cuerpo humano o del ratón [3].
Finalmente, se requerirá una separación exquisita de todos los diferentes tipos de células para completar el mapa. Para complicar aún más las cosas, las células no son entidades estáticas : diferencian, des-diferencian, experimentan muerte celular programada, división, etc., y en cada estado funcional, se transcriben diferentes ARN. Por lo tanto, los científicos generalmente se centran en diferentes tipos de células y diferentes estados (tanto fisiológicos como patológicos) para determinar qué ARN se transcriben.
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Un nuevo conjunto de tecnologías muy popular es el RNA-Seq de células individuales [4]. En esta modalidad, las células individuales se aíslan utilizando diferentes métodos (clasificación celular, atrapamiento en cámaras o chips especiales de nanofluídica), y luego el ADNc se amplifica y secuencia. Al hacer este tipo de análisis, los nuevos tipos de células que antes eran desconocidos se pueden definir en las bases únicas de su transciptome [5]. Para una excelente revisión, consulte Definición de tipos y estados celulares con genómica unicelular.
Notas al pie
[1] Una introducción a RNA-seq
[2] Página sobre Ninguno
[3] Búsqueda – ENCODE
[4] Página sobre Ninguno
[5] RNA-Seq de una sola célula resuelve la complejidad celular en los órganos sensoriales del oído interno neonatal
