La ozonólisis de compuestos con más de un doble enlace se utilizó en el pasado para descomponer moléculas complejas con estructura desconocida en fragmentos más pequeños y más fáciles de identificar. Rompe cada enlace doble carbono-carbono en la molécula y forma cetonas y aldehídos si el agente reductor dimetilsulfuro está presente o ácidos carboxílicos y cetonas sin presencia de dimetilsulfuro.
En este caso obtenemos una mezcla de acetaldehído, acetona y 4-oxopentanal, cada compuesto en la misma cantidad molar. De la información sobre productos (qué compuestos y en qué proporción se forman) podemos derivar fácilmente la estructura del sustrato.
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Los compuestos aromáticos también pueden reaccionar con el ozono, a pesar de que no contienen ningún doble enlace verdadero (tarea preparatoria de IChO 2015):
En este caso obtendríamos una mezcla de etanodial, oxopropanal, butanodiona en una proporción de 3: 2: 1.
