Depende de la configuración experimental. En general, los aceleradores se limitan a acelerar partículas cargadas y estables. Esto no nos deja con muchas opciones: protones, electrones, sus antipartículas y núcleos. De acuerdo, los muones también son posibles si te limitas a los aceleradores lineales. Los muones son inestables, pero su vida útil es lo suficientemente larga como para sobrevivir a un solo paso a través de un linac.
Sin embargo, es posible trabajar con haces secundarios, es decir, acelera algún tipo de partícula, colisiona con algún objetivo, selecciona entre las partículas de productos que le interesan y las usa como haz secundario. De esta manera, puede extender la lista de partículas que puede colisionar a neutrales, y también a las inestables y de larga vida. Varios experimentos han utilizado de esta manera haces de piones, kaones, muones, neutrinos, fotones …
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