Se formará un enlace de hidrógeno entre un átomo de hidrógeno de una molécula y otro átomo de una molécula diferente. La atracción de las moléculas de agua explica esto muy bien.
El agua está compuesta de moléculas de H2O, siendo el átomo de O central en la molécula. Tiene una forma como esta: HOH. Un átomo de oxígeno tiene una alta electronegatividad. Esto significa que tiene una mayor tendencia a atraer un par de electrones de enlace en un enlace covalente. El hidrógeno, por otro lado, tiene una electronegatividad relativamente baja. Por lo tanto, en un enlace HO en una molécula HOH, como el O tiene una alta electrongatividad, los electrones en los enlaces HO se sentirán atraídos por él. Como los electrones tienen una carga negativa para ellos, esto hará que el átomo de O tenga una carga negativa parcial y que los átomos de hidrógeno tengan una carga positiva parcial. Los átomos de H positivos de una molécula serán atraídos al átomo de O negativo de otra molécula de agua, formando lo que se conoce como un enlace de hidrógeno. Entonces se forman enlaces de hidrógeno entre las moléculas y no dentro de ellas. Esto se puede aplicar a las proteínas, ya que los átomos de F, O y N tienen electronegatividades altas en comparación con H.
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