Las EST son secuencias parciales de ADNc, que representan los genes expresados en un tejido particular de un organismo particular. Una biblioteca EST se produce mediante la clonación de un conjunto de ADNc (transcripciones completas o fragmentos) en vectores que se pueden propagar en bacterias. Los extremos de los fragmentos clonados pueden secuenciarse mediante secuenciación de Sanger.
Esas secuencias parciales pueden ser útiles para determinar qué tipos de genes están presentes en un organismo. Se pueden usar para diseñar sondas para microarrays de genes o hibridación in situ de ARN. Si tiene muchas secuencias de diferentes individuos, también puede buscar diferencias de secuencia (SNP).
El advenimiento de RNA-seq (secuenciación de alto rendimiento de un conjunto completo de transcripciones, sin necesidad de construir una biblioteca bacteriana) puede significar que los proyectos de secuenciación EST se están convirtiendo en una práctica anticuada. Un experimento de RNA-seq proporciona más datos de secuencia de manera más eficiente, y las lecturas de secuencia de estos experimentos generalmente se denominan simplemente “lecturas” en lugar de EST.
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Pero todavía es bueno saber qué son los EST, porque son un conjunto importante de información genómica disponible para muchos organismos.
Ver también:
http://www.ch.embnet.org/CoursEM…
BDGP: Preguntas frecuentes sobre cDNA y EST
About_EST
RNA-Seq: una herramienta revolucionaria para la transcriptómica