¿Qué son las etiquetas de secuencia expresada (EST) y por qué son importantes para la investigación genómica?

Las EST son secuencias parciales de ADNc, que representan los genes expresados ​​en un tejido particular de un organismo particular. Una biblioteca EST se produce mediante la clonación de un conjunto de ADNc (transcripciones completas o fragmentos) en vectores que se pueden propagar en bacterias. Los extremos de los fragmentos clonados pueden secuenciarse mediante secuenciación de Sanger.

Esas secuencias parciales pueden ser útiles para determinar qué tipos de genes están presentes en un organismo. Se pueden usar para diseñar sondas para microarrays de genes o hibridación in situ de ARN. Si tiene muchas secuencias de diferentes individuos, también puede buscar diferencias de secuencia (SNP).

El advenimiento de RNA-seq (secuenciación de alto rendimiento de un conjunto completo de transcripciones, sin necesidad de construir una biblioteca bacteriana) puede significar que los proyectos de secuenciación EST se están convirtiendo en una práctica anticuada. Un experimento de RNA-seq proporciona más datos de secuencia de manera más eficiente, y las lecturas de secuencia de estos experimentos generalmente se denominan simplemente “lecturas” en lugar de EST.

Pero todavía es bueno saber qué son los EST, porque son un conjunto importante de información genómica disponible para muchos organismos.

Ver también:

http://www.ch.embnet.org/CoursEM…

BDGP: Preguntas frecuentes sobre cDNA y EST

About_EST

RNA-Seq: una herramienta revolucionaria para la transcriptómica

Las etiquetas de secuencia expresada (EST) son un método por el cual las secuencias de transcripciones de ARN se dilucidaron globalmente en una escala paralela masiva. Obtener secuencias y copias físicas de genes estimuló innumerables direcciones de investigación biológica.

El procedimiento fue / es el siguiente:
Tome un grupo de moléculas de ARN, transcriba inversamente en ADNc, digiera por restricción con un par particular de enzimas de restricción, subclone en un plásmido de vector de ADN compatible, ligue, transforme bacterias, haga crecer clones en placas de 96 o 384 pocillos, aísle el ADN plasmídico, secuencia el Inserciones clonadas de Sanger Sequencing.

Dadas un par de rondas de secuenciación con diferentes cebadores de secuenciación, uno podría obtener una instantánea de secuencia casi completa de la transcripción (tan completa como lo permitiera la estrategia de restricción de resumen, algunas bases se eliminarían en el proceso). Este fue un paso revolucionario en nuestra comprensión de la secuencia subyacente, la estructura y la función de las moléculas de ARN.

Digo que fue revolucionario porque se podía obtener la secuencia de ADN y las copias físicas de miles de transcripciones de un tejido o célula de interés. Debido a que se almacenan en bacterias, estas copias o clones de transcripciones de genes todavía están disponibles para que los investigadores las compren a un precio nominal.

Los laboratorios ya no tuvieron que intentar clonar un gen completo por sí mismos. Permitiendo más tiempo para que más trabajo se dirija a más genes. Lo compararía con la diferencia en productividad entre los monjes medievales que copian libros a mano y la imprenta de Guttenberg.

El artículo científico que he abierto en mi computadora detrás de mi navegador de Internet Quora contiene referencias a conjuntos de diez de miles de tecnologías ecológicamente racionales. ¿El tema? Leucemia pediátrica EST es el producto de una técnica de biología molecular que ha tenido una influencia de largo alcance en la investigación biomédica desde su inicio hace unos veinte años.

Ahh una muy buena pregunta. Gracias por preguntar.

Las etiquetas de secuencia expresada son una cadena de ADN que está presente cerca de un gen y puede usarse como una señal para la identificación del gen. Se usa ampliamente en el mapeo de genes.

El estudiante de Morgan, Alfred Sturtevant, había preparado el primer mapa genético mientras estaba sentado dentro de su dormitorio y abandonaba su tarea de matemáticas para trabajar en el mapeo genético de Dorsophila melanogaster.