Cubriré las bacterias, ya que Archea es muy diferente y no trabajo en ese espacio.
Los promotores bacterianos son reconocidos por proteínas conocidas como factores sigma que forman parte del complejo ARN polimerasa. E. coli tiene siete factores sigma. RpoD es el factor sigma primario; RpoE es inducido en gran medida por el estrés de la envoltura celular, RpoS está activo en la fase estacionaria, RpoF es específico para los genes flagelares, RpoN es para los genes de utilización de nitrógeno y FecI es específico para los genes de transporte de hierro fec (¿Cuáles son los otros factores sigma en E. coli? ?) Streptomyces puede tener veinte o más factores sigma, cuyas funciones específicas no están realmente bien establecidas.
Los represores se unen a las secuencias de “operador” cerca de los promotores y ocluyen físicamente al promotor, evitando el acceso al factor sigma.
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Los activadores bacterianos ayudan a reclutar ARN polimerasa para los promotores.
Algunas proteínas, como la crp en E. coli , pueden actuar como represores o activadores, dependiendo de la ubicación de sus sitios de unión en relación con los promotores.
Las proteínas como HU y el factor de integración del huésped (IHF) pueden actuar para alterar la conformación local del ADN, ya sea aumentando o disminuyendo las acciones de otras proteínas.
La terminación transcripcional ocurre por dos mecanismos diferentes. Los terminadores independientes de Rho son estructuras de horquilla que se forman en el ARN e interactúan con la ARN polimerasa de una manera que termina la transcripción; Los terminadores dependientes de Rho tienen sitios de unión para la proteína Rho que a su vez termina la transcripción.
La atenuación y los riboswitches son formas de regulación basadas en la terminación independiente de Rho. Debido a que la transcripción y la traducción pueden ocurrir simultáneamente en bacterias, los ARNm pueden tener diferentes estructuras secundarias dependiendo de la posición de los ribosomas en el ARNm.
En atenuación, un ORF corto rico en codones para un aminoácido particular se encuentra cerca del extremo 5 ‘del mensaje. Si esta región se traduce, se forma una estructura de terminación y se detiene la polimerasa. Si los ARNt cargados apropiados son escasos, entonces el ribosoma se detiene sobre la región del terminador y bloquea la formación de la estructura correcta; Esto permite que la polimerasa continúe transcribiendo el operón. Por lo tanto, la atenuación se encuentra en los operones de biosíntesis de aminoácidos, es decir, el operón His tiene un ORF rico en codón His y está regulado por la atenuación.
Los riboswitches son similares, pero en lugar de depender del ribosoma, tienen aptámeros naturales sensibles a una molécula pequeña. Por ejemplo, los genes para sintetizar riboflavina tienen un aptámero de unión a riboflavina cerca del extremo 5 ‘. Si el aptámero se une a la riboflavina, forma una estructura de terminación y detiene la transcripción adicional.
Los ARN pequeños (sRNA) se encuentran en bacterias y típicamente regulan negativamente los ARNm uniéndose a los extremos 5 ‘en una configuración antisentido.
Las proteasas como Clp están involucradas en la regulación de la estabilidad de la proteína.
Sería una tontería arrogante suponer que he golpeado todos los mecanismos conocidos o que los humanos han encontrado todos los mecanismos. Pero eso ya es un conjunto bastante rico de herramientas.
