¿Cuál es la diferencia entre la teoría funcional de la densidad y la dinámica molecular?

DFT DFT calcula las fuerzas atómicas y, en última instancia, la energía del sistema a partir de los primeros principios al aproximar la ecuación de Schrodinger. Pros Puede calcular muchas propiedades solo a partir de los primeros principios…
¿Por qué usamos gromacs (simulación molecular) cuando podemos usar autodock para estudiar complejos de proteínas?

Que yo sepa, AutoDock solo se refiere a la unión de ligandos pequeños a proteínas, lo que es inútil para observar la formación de complejos de proteínas. Probablemente el mejor software de acoplamiento disponible para observar la formación…
¿Cuál es el sistema más grande que se puede simular usando dinámica molecular?

Sí, estoy de acuerdo con Sang Young Noh a continuación, depende enormemente de qué tipo de simulación se está ejecutando. En el mundo de la simulación de proteínas, todavía no estamos en la longitud de onda del tamaño…
¿El calor humano participa en algo dentro del cuerpo a nivel molecular? ¿Es el calor fundamental para el cuerpo en algún proceso como una excitación molecular?

El movimiento molecular (que experimentamos como temperatura) es necesario para que la bioquímica suceda a una velocidad decente, pero esto varía de una especie a otra. Las enzimas de cada especie se adaptan a un conjunto específico de…
Química: ¿Qué información se pierde en los modelos de dinámica molecular de grano grueso?

No creo que haya una respuesta a esta pregunta, ya que hay múltiples modelos de grano grueso (CG), cada uno de los cuales incorpora diferentes interacciones. Algunos modelos asignan 4/6 átomos a 1 cuenta de grano grueso [1],…
¿Por qué funciona la historia clásica sobre dipolos instantáneos que dan origen a las fuerzas de Van der Waals?

Es extraño. La interacción dipolo inducida entre los átomos puede obtenerse correctamente de una manera sólida como una roca por la teoría de la perturbación mecánica cuántica independiente del tiempo, pero si la gente comienza a explicar lo…
En física, ¿qué es la dinámica molecular?

Editar: se agregaron más detalles y algunos enlaces a respuestas útiles de Quora para brindar una visión general más amplia de los principios principales de MD. La dinámica molecular es un método comúnmente utilizado para resolver computacionalmente los…
En dinámica molecular, ¿para qué se usa el gran conjunto canónico?

Por lo tanto, las simulaciones NPT (Grand Canonical Simulations- esencialmente número fijo de partículas, presión y temperatura) se usan normalmente cuando tienes un sistema que depende de la presión. Para ajustar las presiones, normalmente usamos barostatos que ajustan…
En la dinámica molecular biológica (MD), ¿para qué se usa el conjunto NVE (número constante, volumen y energía)?

Gracias por el A2A. Como ya dijeron Bingqing y Robin, el conjunto NVE está más alejado de las condiciones experimentales bioquímicas típicas que los conjuntos NVT o NPT. La mayoría de las simulaciones de dinámica molecular de biomoléculas…
Si uso la molécula de agua en la simulación MD, ¿cómo puedo tratar el potencial entre las moléculas de agua?

Como LAMMPS está etiquetado como tema, proporcionaré el siguiente enlace a la documentación: modelos de agua en lámparas. Aquí se proporcionan los parámetros potenciales para TIP3P, TIP4P, SPC y SPC (E). Ahora para responder a sus preguntas: ¿Puedo…

Supreme Topics

¿Por qué tantos científicos respetados consideran seriamente la idea de ‘universos paralelos’, de los que veo poca evidencia real, pero parecen descartar por completo los casos de ovnis muy fuertes, provenientes de fuentes creíbles y, a veces, incluso con evidencia física?

En el mismo número cuántico principal, ¿hay alguna diferencia en la energía de los electrones entre los orbitales?

¿Qué es una explicación intuitiva de un cobordismo?

¿Hay algo que se aproveche de los parásitos?

¿Qué diría Richard Muller a un candidato a doctorado insomne ​​que lucha con calificadores?

¿Cómo podríamos medir la temperatura de Plutón y cuáles son algunos ejemplos?

¿Es realmente emocionante estudiar mecánica cuántica?

¿Por qué la arquitectura Polaris de 14 nm de AMD tiene una potencia más alta que la arquitectura Pascal de 16 nm de Nvidia?

¿Algún objeto celeste gira alrededor del satélite de un planeta?

¿Hay física antigravedad / ovni real? ¿Pueden descubrirlo? ¿Ya lo saben?

¿Cómo se puede resumir un análisis estructural en pocas páginas?

¿Cómo se forma el polvo espacial?

¿Cuáles son las similitudes y diferencias de los estudios geofísicos gravitacionales y magnéticos que se utilizan en la exploración?

Un trabajo puede ser realizado por 5 hombres en 19 días. Después de tres días de trabajo, se agregaron 3 hombres para ayudar. ¿Cuántos días tardó en completar todo el proyecto?

¿Cómo extraen los científicos el ADN de los fósiles?