¿Qué es la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP)?

La inmunoprecipitación de cromatina o ChIP es un método de análisis de proteínas que se unen al ADN (como las involucradas en la recombinación, reparación del ADN, detención del ciclo celular y otras interacciones). Esto funciona como cuando las proteínas se unen al ADN (como lo harían normalmente), otra sustancia que generalmente se usa formaldehído se usa para entrecruzar la proteína con el ADN (básicamente las une). Luego se corta el ADN (se divide en pedazos más pequeños) y luego se usan anticuerpos (de ahí el nombre ‘inmuno’) para unirse a las proteínas que están reticuladas al ADN. Los anticuerpos que se unen a las proteínas en el ADN se precipitan, trayendo el ADN con él, y la proteína se separa del ADN y se disuelve. Luego, la PCR se usa para amplificar el segmento de ADN que se precipitó para que puedan secuenciarse. Esto permite a los científicos ver qué secciones de ADN interactúan con las proteínas y, por lo tanto, pueden ver cómo se regula el ADN en nuestro cuerpo.

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Secuenciación de chips

Inmunoprecipitación de cromatina

Immuprecipitation de la cromatina

El ensayo de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) es un método poderoso para la investigación de la interacción ADN-proteína. Puede reflejar el estado de unión fisiológica entre proteínas y ADN cromosómico basado en el diseño de la técnica in vivo y la especificidad de la interacción antígeno-anticuerpo.

ChIP se usa comúnmente en el estudio del sitio de unión del factor transcripcional o el sitio de modificación de proteínas. Con el desarrollo de NGS, la combinación de CHIP y NGS, la secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-Seq) , ahora puede detectar e identificar los sitios de unión a proteínas en toda la escala cromosómica con alta eficiencia y precisión. Brevemente, el complejo de interacción proteína-ADN in vivo se fija y se digiere en pequeños fragmentos y luego se inmunoprecipita mediante un anticuerpo contra la proteína de unión al ADN. De esta forma, los fragmentos de ADN de unión a proteínas se enriquecen y pueden analizarse mediante NGS, de modo que los sitios de unión a proteínas en todo el genoma pueden mapearse y caracterizarse. ChIP-Seq es una herramienta valiosa para discernir y cuantificar las secuencias de ADN específicas donde las proteínas se unen o existen modificaciones epigenéticas.

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