Como dice la pregunta, ni Gould ni Dawkins tienen o tuvieron ningún problema con los puntos principales de la evolución por selección natural, pero sí diferían en el foco principal de las presiones selectivas y algunos otros puntos.
Dawkins tiene una visión centrada en los genes, argumentando que los organismos pueden ser vistos como vehículos para los genes que contienen. Desde este punto de vista, los genes son sujetos de presión selectiva, ya sea selección natural o sexual. Dawkins también es un adaptacionista (a diferencia de Gould), ya que ve más elementos de fisiología o comportamiento como resultado de la presión de selección de alguna manera.
Gould, por el contrario, ha abogado por una visión multinivel de la selección, diciendo que las presiones de selección actúan sobre individuos, grupos, clados, etc., y que los cambios en la frecuencia de genes / genes son el resultado de la evolución y no el foco de la misma. Gould también argumenta que se debe dar más peso a las limitaciones de desarrollo que a juicio de Dawkins. En otras palabras, algunas cosas evolucionan como lo hacen debido a restricciones incorporadas en cosas como la estructura del cuerpo; por lo tanto, Gould ve más límites en el poder de lo que puede lograr la selección natural o sexual que Dawkins.
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Gould también ha defendido una visión de equilibrio puntual de la evolución: que ocurren períodos de cambio rápido, intercalados entre períodos más largos de, esencialmente, conservación. Dawkins ve el registro histórico como evidencia de un cambio más gradual y continuo en el tiempo.
Dawkins y Gould también tienen enfoques filosóficos bastante diferentes de la ciencia en su conjunto, que probablemente sea más el origen del “calor” de sus intercambios / desacuerdos que las diferentes opiniones sobre la evolución. Gould parece abogar por campos de conocimiento separados y no superpuestos (ciencia y religión, por ejemplo). Dawkins es más famoso por su punto de vista de que la ciencia es la única forma realmente sensata de abordar cuestiones de hecho o de verdad, como “¿Existe / existe dios / dioses?”.
Estoy seguro de que hay más detalles sobre los desacuerdos entre Gould y Dawkins de lo que sugiere mi respuesta, pero según tengo entendido, estos son los conceptos básicos.