Primero, los IRES son elementos bastante complejos, y probablemente no suceden al azar muy a menudo. Eso significa que donde existen IREses, generalmente se seleccionan para, y probablemente la proteína que generan no está incompleta.
Pero, en segundo lugar, hay toneladas de proteínas incompletas producidas todo el tiempo de todos modos, y no es gran cosa. Las proteínas se caen de los ribosomas antes de que se completen, o los ribosomas se arruinan e incorporan algo incorrecto, o hipo y comienza a atravesar el marco de lectura incorrecto, o lo que sea. Pasa todo el tiempo. Según algunas estimaciones (que, sospecho, son demasiado altas, pero no demasiado altas), alrededor del 30% de las proteínas recién sintetizadas se rompen de alguna manera, incluida la terminación prematura. Simplemente son masticados y reciclados. Hay (probablemente) sistemas especializados para identificar tales proteínas defectuosas, y se destruyen en cuestión de segundos después de su fabricación.
(Esta es la hipótesis de los DRiP [productos ribosómicos defectuosos], impulsada por Jon Yewdell, si está buscando más información).
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