Seno o coseno son simplemente soluciones matemáticas que funcionan con la ecuación de onda (en caso de que hablemos en términos de electromagnetismo clásico). El seno se usa en la función que describe la magnitud del campo eléctrico de una onda, en un punto del espacio. Es algo parecido a esto:
E = Emax * sin (kx-wt)
lo que significa que el valor del campo eléctrico en un punto fijo varía con el tiempo, pero también si mantenemos el tiempo en espera, entonces variará con el espacio (si nos movemos en el espacio, esta vez). Es por eso que generalmente se conoce como una ola, porque tiene crestas y valles. Lo mismo se aplica para el valor del campo magnético.
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Ahora, las ondas electromagnéticas pueden ser mucho más complicadas en realidad, porque pueden tener múltiples formas, como planas, esféricas, polarizadas, etc.
Además de eso, creo que la noción misma de “ola” está mal, eche un vistazo aquí:
La respuesta de Remus Gogu a la dualidad onda-partícula: ¿es la luz una onda o una partícula?
Estos son simplemente modelos matemáticos que utilizamos para aproximar / emular cómo se comporta la naturaleza. ¿Por qué pasa a ser seno? Porque es una solución matemática para la ecuación de onda. ¿Por qué la ecuación de onda? Porque es el modelo que parece emular mejor lo que hace la naturaleza. ¿Por qué la naturaleza se comporta de esta manera? Si tiene alguna idea, me gustaría escucharla :-D!