Aquí hay una explicación agradable y simple de http://education.jlab.org/qa/com…:
Una molécula se forma cuando dos o más átomos se unen químicamente. Un compuesto es una molécula que contiene al menos dos elementos diferentes. Todos los compuestos son moléculas, pero no todas las moléculas son compuestos.
El hidrógeno molecular (H₂), el oxígeno molecular (O₂) y el nitrógeno molecular (N2) no son compuestos porque cada uno está compuesto de un único elemento. El agua (H₂O), el dióxido de carbono (CO₂) y el metano (CH₄) son compuestos porque cada uno está hecho de más de un elemento. El bit más pequeño de cada una de estas sustancias se denominaría molécula. Por ejemplo, una sola molécula de hidrógeno molecular está hecha de dos átomos de hidrógeno, mientras que una sola molécula de agua está hecha de dos átomos de hidrógeno y un átomo de oxígeno.
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