Los riesgos son similares a los de cualquier otro tipo de radioterapia. La principal ventaja de la terapia de protones sobre otras terapias de rayos gamma o rayos X es que tiene un mejor control sobre dónde se administra exactamente la dosis, ya que puede manipular la energía del haz y la pérdida de energía de los protones en la materia depende de su energía. Básicamente, puede hacer coincidir la energía del haz con la profundidad del tumor, para que las partículas se detengan dentro de él (o muy ligeramente más allá) y, por lo tanto, administren la mayor fracción de la dosis dentro de él. Es por eso que este tipo de terapia es preferible a la terapia tradicional de rayos gamma, que administra la dosis a lo largo de la trayectoria de los rayos.
Los riesgos son similares a los de la radioterapia normal: la irradiación de tejido sano se reduce, pero sigue siendo inevitable.
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