¿Las moléculas tienen formas definidas?

Si.
Los electrones responsables de la unión residen en orbitales, la mayoría de los cuales apuntan en direcciones definidas y en ángulos particulares entre sí. Entonces, cuando varios átomos se combinan para formar una molécula, tiene una forma bien definida. Esto, por ejemplo, es una molécula de ácido tartárico.

Una de las moléculas de forma regular más conocidas es el benceno, que es hexagonal, cada esquina es un átomo de carbono unido a un átomo de hidrógeno.
Sin embargo, las moléculas del mismo compuesto también se unen entre sí para formar estructuras cristalinas regulares. En el cuarzo alfa, la molécula es SiO2, pero en la práctica cada átomo de silicio se encuentra en el centro de un tetraedro regular, cuyas esquinas son para átomos de oxígeno. Debido a que cada átomo de oxígeno se comparte entre dos tetraedros, la fórmula todavía se filtra en SiO2, aunque se podría argumentar que no hay moléculas individuales.

Si. Están formados por átomos y, en términos generales, cada átomo consta de electrones y protones.

La configuración electrónica (valencia) y el tipo de vínculo que existe entre ellos detecta la forma.

Las moléculas con enlaces simples tienen rotación sobre esos enlaces y, por lo tanto, una molécula realmente existirá en un rango de espacios conformacionales. Las moléculas existirán predominantemente en las conformaciones de energía más bajas. Entonces, la respuesta es que las moléculas existen simultáneamente en una variedad de formas, pero estas formas están limitadas enérgicamente por factores energéticos, conformacionales y estéricos.

Gran parte de la química orgánica tiene que ver con las formas de las moléculas, desde los tetraedros hasta las varillas, los anillos planos y los anillos que parecen carpas, botes y sillas. Las macromoléculas forman todo tipo de formas interesantes, la más famosa de las cuales es la doble hélice del ADN.

Sí, las moléculas existen en su forma híbrida de resonancia.

Sí, lo hacen a una temperatura particular.

Pero, la forma de la molécula cambia al aumentar o disminuir la temperatura.