Después de un tiempo indefinido de separación, digamos miles o decenas de miles de años, podrían ocurrir muchas cosas en los genes y cromosomas de los dos grupos que evitarían el cruzamiento viable cuando se vuelvan a unir. Lo más simple es la deriva genética simple. Las mutaciones aleatorias que ocurren en el grupo de genes de un grupo son diferentes de las del otro grupo, y estas diferencias se acumulan hasta que se vuelven incompatibles.
Este proceso puede intensificarse mediante la selección natural, si las presiones de selección son diferentes en los dos grupos. Por ejemplo, si un grupo tuviera que lidiar con un depredador, un parásito o una enfermedad con la que el otro grupo no tenía que lidiar, esto podría canalizar las mutaciones que predominan en los respectivos grupos de genes en diferentes direcciones y acelerar el proceso.
Los dos grupos se vuelven tan diferentes que, en animales, es posible que ni siquiera quieran aparearse debido a diferencias físicas o feromonales. O pueden aparearse, pero no producen embarazos o abortan todos los fetos. O la descendencia sobrevive, pero es estéril. Cualquiera de estas posibilidades y muchas más constituirían incompatibilidad de reproducción y definirían a los dos grupos como especies separadas.
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También es importante darse cuenta de que esto no sucede de repente. Después de un período de tiempo, aún podrían reproducirse, pero solo dicen el 30% con la frecuencia. Después de un período más largo, solo el 10% de la frecuencia. Entonces prácticamente nunca. Incluso cuando se cruzan con éxito, la descendencia puede ser infértil, como ocurre con la mula o la jenny producida por el apareamiento de un caballo y un burro. O, como mencionó The Raven, el ligre producido por la mezcla de un león y un tigre probablemente no podría sobrevivir en la naturaleza. Hay muchas variaciones en el tema de “incompatibilidad”.