¿Cuál debería ser la observación de la electroforesis en gel de agarosa si una muestra de ADN plasmídico se digiere de forma incompleta?

Dependiendo de cuántas enzimas de digestión esté usando, su plásmido se cortará en una cierta cantidad de piezas. Por lo general, se usan dos enzimas de digestión para que tenga un vector y un inserto como se muestra en la imagen a continuación:

Antes de agregar las enzimas, debe saber aproximadamente cuántos pares de bases tendrá cada pieza una vez que todo esté cortado. Cuanto más pequeño es el fragmento de ADN, más lejos viaja a través de los poros del gel de agarosa. Asegúrese de colocar una escalera en uno de los pozos como punto de referencia. Si su enzima no digiere completamente el plásmido, la mayoría del ADN no se moverá muy lejos a través del gel y habrá una barra gruesa hacia el punto de partida.

Por ejemplo:

Cada banda es ADN de cierta longitud de pares de bases de largo. Cuanto más gruesa es la banda, más ADN tienes de ese tamaño. Si su banda de ADN está muy cerca del punto de partida, lo más probable es que sus enzimas de restricción no se corten y tenga plásmidos completos.

La electroforesis en gel le permite separar sus piezas de ADN por tamaño y / o confirmar que sus enzimas de restricción funcionaron. Si no tiene las piezas deseadas de ADN que desea a pesar de agregar las enzimas de digestión correctas, intente dejar que se incuben un poco más antes de ponerlas en el gel.

Espero que esto haya ayudado 🙂

Para darle una solución simple, siempre necesita tener una reacción de CONTROL NO DIGESTADO para el plásmido. Después de ejecutar las reacciones de prueba y control, puede estar atento a lo siguiente.

  1. Los plásmidos son circulares, por lo que si ha habido alguna digestión, entonces se linealizará y, por lo tanto, se moverá más lentamente que el plásmido circular no digerido. Básicamente, si lo ejecutas en un gel concentrado, podrás detectar una diferencia entre digerido y no digerido.
  2. Para digerir parcialmente, bueno, si está buscando múltiples bandas, entonces tampoco verá ninguna banda ya que solo una enzima ha funcionado y el tamaño del plásmido aún está intacto. O observa menos número de bandas esperadas.
  3. El peor de los casos es que observa una mancha, en cuyo caso puede estar experimentando alguna actividad estelar de la enzima, lo que significa que está cortando y mellando en lugares aleatorios. Puede reducir esto utilizando las versiones de alta fidelidad de cada enzima, o agregando una cantidad menor de enzima o acortando el tiempo de incubación.
  4. El último consejo es usar CiP o Fosfatasa Intestinal de Becerro o Fosfatasa Alcalina que evitará la autoligadura en los plásmidos digeridos.

Tomemos un caso simple: un plásmido lineal de 2000 pb de largo, con sitios de corte en 1200 y 1700. Un resumen completo dará solo tres bandas de 1200, 500 y 300 pb. En un resumen incompleto, verá las mismas tres bandas, pero también verá bandas de cero cortes (2000) y ambos posibles cortes individuales (1200, 800) y (1700,300). Resultado: bandas a 2000,1700,1200,1000,800,500,300