En primer lugar, los protones y los neutrones no son partículas fundamentales (más a menudo llamadas partículas elementales). Los protones y los neutrones son partículas subatómicas que están formadas por tres partículas elementales llamadas quarks de varios tipos.
En cuanto a por qué conectas esto con la definición de un átomo, no lo sé. Sin embargo, un elemento se define por el número de protones en el núcleo de uno de sus átomos. El hidrógeno tiene un protón, helio, dos protones, etc. El número de protones en un átomo de cualquier elemento dado se llama número atómico.
El número de neutrones en el núcleo es solo material para la estabilidad del núcleo y el peso atómico. Todos los elementos (incluido el hidrógeno) tienen varios isótopos diferentes de varios niveles de estabilidad. En el caso del hidrógeno, existen tres isótopos naturales con cero, uno (deuterio) y dos (tritio) neutrones respectivamente. Los dos primeros son estables, el tercero es radiactivo con una vida media de aproximadamente 13 años. Es posible sintetizar isótopos de hidrógeno de muy corta duración con hasta 6 neutrones. Sin embargo, sea cual sea el isótopo, todos son átomos del mismo elemento.
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Esto continúa en la tabla periódica con átomos con varios números de isótopos estables e inestables (a veces con solo uno de los primeros). Eso es hasta que se alcanza el tecnecio (número atómico 43) para el que no hay un isótopo estable. Después de eso, los elementos pueden o no tener un isótopo estable hasta que se alcanza el plomo (número atómico 82), el elemento más pesado con un isótopo estable. Después de eso, todos los isótopos de todos los elementos son inestables en un grado u otro.
