EDITAR: Escribí esto antes de ver la respuesta de David Harrison, que es más conciso.
Esta respuesta es mucho más sencilla y simple de responder cualitativamente, aunque para “probar” cuantitativamente requeriría algún conocimiento sobre los valores de Keq o deltaG de enlace para cada caso.
Para la primera pregunta: ¿se une mejor el compuesto 1 o 2 a la enzima de tipo salvaje?
Respuesta: El compuesto 1 contiene un grupo funcional de ácido carboxílico (ácido benzoico), que estaría cargado negativamente a pH fisiológico. El residuo N289 en la enzima de tipo salvaje puede formar interacciones favorables (la Figura 1a, la línea punteada, representa esto, específicamente el enlace de hidrógeno probablemente) con este grupo funcional en la molécula pequeña. Esta interacción favorable se pierde en el caso del Compuesto 2, y dado que esta es la única diferencia entre las moléculas pequeñas, podemos adivinar con seguridad que el Compuesto 1 se unirá mejor a la enzima de tipo salvaje (y se puede cuantificar en qué medida es mejor) basado en la energía de la interacción N289 / ácido carboxílico).
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Para la segunda pregunta: ¿Qué enzima se une mejor al Compuesto 1, tipo salvaje o mutante?
Respuesta: Similar al caso anterior, la clave aquí es la interacción entre N289 y el ácido carboxílico. Tenga en cuenta que la única diferencia en el peso versus la enzima mutante es una mutación puntual en el residuo 289. La enzima mutante contiene una alanina (A289) en lugar de asparagina (N289), que no puede tener las mismas interacciones favorables con el resto de ácido carboxílico en el Compuesto 1. Dado que nada más ha cambiado en el sistema, podemos adivinar con seguridad que el Compuesto 1 se unirá mejor con la enzima de tipo salvaje en lugar del mutante (y la medida en que es mejor puede cuantificarse en función de la energía del N289 / carboxílico interacción ácida).
