¿Cuál es la diferencia entre un sistema de PCR convencional y un sistema de PCR en tiempo real?

En pocas palabras, el principio es el mismo: tiene dos cebadores (FW y RV). Están diseñados contra un objetivo específico o están diseñados para unirse contra varios objetivos pero tienen una secuencia conservada en común.

Ahora, en PCR en tiempo real, el uso de cebadores se combina con un tinte fluorescente que se une dentro de un ADN de doble cadena (también conocido como agente intercalante, como SYBR Green) o con sondas que llevan consigo un fluorocromo y un extintor. Tanto el enfoque (si necesita conocerlos en detalle que le explicaré, pero aquí me limitaré a la pregunta principal) permiten monitorear la amplificación de la molécula de ADN objetivo durante el paso de amplificación, en tiempo real, proporcionando al investigador Un análisis cuantitativo.

¿Por qué es útil esto?

¿Qué hace la PCR? Se amplifica Cada evento de amplificación se llama ciclo de amplificación. Por lo general, los círculos de amplificación se mantienen por debajo de los 30 ciclos por reacción (entre 25 y 28). ¿Por qué esto? Porque la PCR se usa para ver si hay algo allí o no, o si hay algo más en esta condición en comparación con un control. Si los pasos de amplificación son demasiados, no podrás entender si algo está realmente allí o si estás viendo una señal solo porque dejas que se amplifique tantas veces, de modo que eventualmente parezca que hay algo allí (recuerda. no decir “cuantificar” porque la PCR estándar hace imposible por su naturaleza hacer eso).

Por ejemplo, A era menor que B. La amplificación comienza y después de 30 ciclos se ejecuta un gel y A y B tienen una señal fuerte. Entonces dices “A = B, no hay diferencia entre control y experimento”. Esto no hubiera sucedido si hubieras hecho solo 25 ciclos, por ejemplo, ¿Ves lo que quiero decir?

Si bien con PCR en tiempo real, puede ver ciclo por ciclo la cantidad de amplificador (la cadena amplificada) en ese momento durante ese ciclo específico. Entonces, si ejecuta 30 ciclos, cuando obtiene el resultado, al observar el ciclo de amplificación anterior, puede decir “ok, la diferencia es real” o “no hay diferencia”.

Esto es realmente de los trabajos de software. Tiene un umbral (por lo que verá la señal, solo si está por encima de una cierta cantidad, esto puede establecerlo el scitista, en función de su propia experiencia de necesidad). Y como puede ver, arriba de 30 ciclos, la cifra comienza a estabilizarse. En este momento no será posible distinguir entre las cosas, ¡porque se verán iguales! Pero, el software le permite mirar a través de todos los ciclos y tener una visión general de lo que sucedió ciclo por ciclo.

Espero que ayude, si necesita más detalles o alguna aclaración, solo hágamelo saber.

No preguntaste, pero señalaré que hay otro esquema cuantitativo de PCR que está creciendo en popularidad: la PCR digital.

La desventaja de la PCR en tiempo real es que no se pueden obtener resultados verdaderamente cuantitativos sin ejecutar reacciones contra los estándares. Una razón clave para esto es que diferentes amplicones mostrarán diferentes eficiencias de amplificación, que a su vez pueden verse influenciadas por la variación en las condiciones de reacción (como la falta de uniformidad del control de temperatura en la placa de PCR) o muestras de contaminantes. La PCR digital elimina estos problemas al convertir la PCR en un sistema binario: la amplificación se ve o no se ve.

La PCR digital consiste en ejecutar muchas reacciones de PCR en paralelo utilizando el mismo material de entrada. El truco es que la muestra se diluye de modo que se espera que muchas cámaras de reacción no reciban moléculas molde. Se ejecuta PCR y luego se cuenta el número de cámaras positivas. Al conectar eso en ecuaciones basadas en la distribución de Poisson, se obtiene una estimación del número de moléculas de entrada. Debido a que se basa en contar, el número no depende de una curva estándar; Es directamente cuantitativo.

Se han comercializado varios sistemas de PCR digital, utilizando pozos o gotitas para las cámaras de reacción. También difieren en el número de cámaras de PCR; Los esquemas de gotas alcanzaron números mucho, mucho más altos. La precisión y el rango dinámico están vinculados a los números de gotas, con más cámaras puede estar más lejos en su conjetura de concentración inicial.

Los diferentes esquemas ofrecen diferentes costos de equipo y facilidad de flujo de trabajo. Por ejemplo, el dispositivo de Fluidigm está completamente integrado, pero creo que ofrece menos de 1000 cámaras por muestra, mientras que el sistema de BioRad tiene etapas separadas de emulsificación, amplificación y conteo (con dos dispositivos dedicados; el termociclado se ejecuta en un termociclador estándar) y decenas de miles de cámaras.

Un sistema de PCR real similar agrega la capacidad de medir la fluorescencia en la reacción de cada pocillo (durante la PCR).

la PCR en tiempo real (RT) puede monitorear copias de ADN amplificadas desde el comienzo hasta el final del ciclo, la convencional solo puede monitorearse al final del proceso del ciclo.