La respuesta que está buscando depende del experto que pregunte. La información genética y genómica está agregando piezas al rompecabezas, pero a partir de ahora, 2015, nadie puede ofrecer una respuesta definitiva.
Las mejores suposiciones son que las personas que viven en Japón han recibido grupos de visitantes que llegan en distintos momentos desde varios lugares, y estos visitantes se casaron y se mezclaron con los lugareños.
El primer grupo fue probablemente una especie de grupo ainu o proto-ainu que descendió de Siberia y Kamchatka. Nadie sabe si estuvieron aquí primero o si se mezclaron con un grupo J aún más aborigen. Pero en algún momento 3 o más siglos antes de la Era Común, los mongoles probablemente llegaron al norte de Honshu, posiblemente Hokkaido, y se mudaron al sur. Casi al mismo tiempo, o quizás un poco antes, los grupos malayos llegaron al extremo opuesto del archipiélago y se trasladaron hacia el norte y el este.
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Después de eso, la historia de Corea y China entra en juego. Japón era un lugar relativamente seguro para escapar de las invasiones y contra invasiones en el continente. En algún momento entre aproximadamente 230 aC y 300 dC, oleadas de asiáticos orientales escaparon de las guerras en el continente, trayendo nuevas tecnologías y nuevas genéticas a Japón. Hablamos de los japoneses que vivían en Japón antes del año 250 aC más o menos como tribus Jōmon (“patrón de cuerda”) después de sus patrones de cerámica distintivos. Los asiáticos orientales son llamados grupos Yayoi después de que la evidencia arqueológica descubierta por primera vez en la sección Yayoi de Tokio. La combinación de estos dos grupos nos da características japonesas modernas, y el siglo XXI J todavía usa a Jōmon y Yayoi para describir las características faciales aquí.