¿Hay organismos multicelulares que no reconocen su propia especie?

Lo dudo. Incluso a un nivel tan simple como algas multicelulares de 2 celdas a simples como estas, y gametos de algas, las células discriminan entre sus propias especies y cualquier otra.

Puede tomar dos especies de esponjas, molerlas a través de algo así como un tamiz de flores para que cada una sea solo una sopa de células separadas, mezclar estas “sopas” en un plato de agua de mar, y se separarán entre sí según la especie y volver a crecer en esponjas intactas de su propia especie. No se mezclan y reconstruyen un cuerpo híbrido compuesto por células de ambas especies.

En un sentido amplio, creo que podemos decir que los sistemas inmunes comenzaron tan pronto como comenzaron las formas de vida con más de una célula.