Para mí, cambió totalmente mi forma de pensar en las simulaciones. Los códigos MD en sí tienen algunas características adicionales, claro, pero con Plumed tengo la libertad de hacer * casi * lo que quiera, ya sea intercambios de réplicas sesgadas, metadinámica, variables de ruta, empujes y tirones, o cualquier combinación elegante de estos.
Aún así, hay dos problemas en los que puedo pensar. Una es una ligera desaceleración (20-50%) si requiere que Plumed haga muchos cálculos por usted: los realiza en cada cuadro, y ciertamente no está integrado en el código de manera tan eficiente como los algoritmos internos del código; por lo tanto, trato de minimizar el número de átomos en las definiciones de mi grupo. El otro es el tratamiento no tan intuitivo de PBC: a menudo no es inmediatamente obvio a partir de la documentación qué conjunto de configuraciones debe usar en el caso dado.
Pero en general, ni siquiera quiero imaginar volver a mis luchas pre-Plumed con MD.
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