Esta es una pregunta difícil de responder en general.
Lo primero que debe hacer es buscar inconsistencias en las teorías. Si algunas de las teorías son inconsistentes, entonces tu vida es más fácil.
Suponiendo que ha eliminado todas las teorías con serias inconsistencias, lo siguiente que debe hacer es buscar las diferencias en las predicciones entre las teorías. Si las teorías hacen exactamente las mismas predicciones en todas las circunstancias, entonces realmente son la misma teoría, solo escrita de dos maneras diferentes (esto sucede en física y se conoce como dualidad y en este caso no hay razón para decidir entre ellas).
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Si las diferencias son comprobables con la información existente, entonces tiene que trabajar analizando los datos antiguos de nuevas maneras. Si son comprobables en el futuro cercano, entonces tiene que trabajar creando nuevos datos.
Si no hay diferencias que sean comprobables en el futuro previsible, entonces debe comenzar a utilizar otra información que sea menos inequívoca. Puede mirar otras teorías que son similares y pueden dar una guía sobre qué teoría es más probable que sea cierta. A menudo, esta guía es la simplicidad. A veces, esta guía puede ser buena, pero a menudo no es buena y puede ser demasiado conservadora.