Primero, la pasta de dientes es típicamente un gel, mientras que los enjuagues bucales son líquidos. Los geles son materiales diluidos reticulados que no fluyen en estado estacionario. A diferencia de la pasta de dientes, las moléculas en el enjuague bucal líquido tienen libertades de movimiento mucho mayores, por lo que puede enjuagarlas vigorosamente en la boca. Es mucho más conveniente frotar el gel, ya que no se caerá inmediatamente de su cepillo y dientes como lo haría un líquido.
En segundo lugar, la pasta de dientes tiene muchos abrasivos que son insolubles, pero ayudan a eliminar mecánicamente la placa de los dientes. El enjuague bucal es una solución antiséptica cuyos ingredientes son generalmente un cóctel de alcohol, gluconato de clorhexidina, hexetidina, ácido benzoico, salicilato de metilo, peróxido de hidrógeno, agua, xilitol (u otro edulcorante) y otros.
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