Algunos factores a considerar.
Primero, diferentes presas tienen diferentes respuestas a las toxinas, por lo que los humanos podrían ser particularmente susceptibles a las toxinas que el animal presa típico no es.
En segundo lugar, a la evolución no le importa la exageración. Imagine que un escorpión tiene una toxina débil que solo a veces mata a su presa (o la mata muy lentamente, o no mata cuando se reduce la dosis, como con una segunda o tercera presa en poco tiempo). Si aparece una mutación que hace que la toxina sea 100 veces más efectiva, la evolución favorece al nuevo gen. Los escorpiones con esa toxina podrán obtener alimentos, producirán más crías que sus rivales y ese gen se propagará a través del acervo genético. Tener suficiente veneno para matar a su presa una vez más en cinco minutos es menos efectivo que tener suficiente veneno para matar a su presa instantáneamente cincuenta veces. No hay penalidad real por la exageración.
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Pero principalmente, esto se debe a que su veneno no solo sirve para matar presas que pretenden comer. Las arañas y los escorpiones no comen humanos. Cuando nos muerden es para disuadirnos o matarnos como su depredador.
